Воспитанник карагандинской школы футбола Егор Алишаускас в матче 22 тура против «Тобола» (1:0) дебютировал в казахстанской Премьер-Лиге. 23-летний защитник вышел на замену вместо Павла Кривенцева на 63-й минуте.
Алишаускас в 2014 году дебютировал за «Шахтер М» в турнире дублирующих составов клубов Премьер-Лиги (107 матчей, 7 голов), с 2018 года выступал за команду «Шахтер-Булат». Всего в турнире второго по силе дивизиона чемпионата Казахстана провел 44 матча, забил 1 гол и стал автором двух голевых передач.